編碼HLA基因的分類
組成HLA複合體的基因傳統上分為Ⅰ類、Ⅱ類和Ⅲ類（圖 1）。HLA基因複合體位於人第6號染色體短臂6p21.31，全長3600 kb,共有224個基因座位，其中128個為功能性基因（有產物表達），96個為假基因。

圖1 組成HLA複合體的三類基因在人類第6號染色體上的分佈

HLA Ⅰ類基因
經典的HLAⅠ類基因集中在遠離著絲點的一端，包括B、C、A三個座位，其產物稱HLA Ⅰ類分子。實際上，Ⅰ類基因僅編碼Ⅰ類分子異二聚體中的重鏈，輕鏈為β2微球蛋白（β2m），編碼基因位於第15號染色體。
以HLA-E、HLA-G為代表的非經典HLA I類分子在免疫應答的負調節中十分活躍。

HLA Ⅱ類基因
HLA Ⅱ類基因在複合體中位於近著絲點一端，結構最為複雜，由DP、DQ和DR三個亞區組成。每一亞區又包括兩個或兩個以上的功能基因座位，它們分別編碼分子量相近的α鏈和β鏈，形成DRα-DRβ（對應於小鼠的Eβ-Eα）、DQα-DQβ（對應於小鼠的Aβ-Aα）和DPα-DPβ（小鼠中無對應物）三種異二聚體。需要指出的是，DR亞區實際上有5個功能性基因，1個為DRA（編碼DRα鏈），4個為DRB（編碼DRβ鏈），其產物顯示不同的DR抗原特異性，包括DR1（DR8）、DR51、DR52和DR53。
其它諸如：低分子量多肽基因:低分子量多肽（low molecular-weight polypeptide，LMP）基因、抗原加工相關轉運體（transporter associated with antigen processing，TAP）基因、HLA-DM基因、HLA-DO基因、TAP相關蛋白基因（tapasin）等與免疫功能相關的基因全部坐落在HLA系統的Ⅱ類基因區。

HLA Ⅲ類基因
血清補體成份編碼基因屬經典的Ⅲ類基因，在HLA複合體,它們位於中部。所表達的產物為C4B、C4A、Bf 和C2。在HLA Ⅲ類基因區靠Ⅰ類基因一側，新近檢出多個免疫功能相關基因座位，多數涉及炎症反應，分屬以下四個家族：
1．腫瘤壞死因數基因家族　　包括TNF（TNFα）、LTA（TNFβ）和LTB三個座位。其產物參與炎症、抗病毒和抗腫瘤免疫應答。
2．轉錄調節基因或類轉錄因數基因家族　　包括類Ⅰ-κB（ⅠκBL）基因，可參與調節DNA結合蛋白NF-κB的活性。屬於這一基因家族的還有B144基因、鋅指基因ZNF173和ZNF178（鋅指基因ZNF173定位于Ⅰ類基因區）。
3．MHCⅠ類相關基因（MIC）家族　　包括MIC A和MIC B基因等，主要表達於小腸粘膜，和熱休克蛋白的作用密切相關。
4．熱休克蛋白基因家族 　如HSP70基因，其產物參與炎症和應激反應，並作為分子伴侶在內源性抗原的加工提呈中發揮作用。構成MHCHLA複合體的另一類基因稱為免疫功能相關基因，它們可以有各種變異體，但通常不顯示或僅顯示有限的多態性。此類基因的產物一般不能和抗原肽形成複合物，故不能直接提呈抗原，但它們在免疫應答和免疫調節中發揮重要作用。
HLA等位元基因及編碼產物的命名
HLA抗原的命名由世界衛生組織命名委員會（WHO Nomenclature Committee for Factors of the HLA System）確定。
1968—1995年世界衛生組織HLA系統因數命名委員會共發佈13次命名報告，內容不斷更新。最初7份報告只限於命名使用血清學或細胞培養方法檢出的HLA特異性，1987年起對HLA基因命名。歷年來主要規定有：
1．以大寫字母A、B、C…表示HLA遺傳區域中的座位。
2．HLA特異性用數位(數位編碼按照抗原被發現或官方認可的順序表示)表示，取消原來編號後的w(workshop)標記，但有兩點例外：Bw4和Bw6作為表位與其它B座等位基因相區別；以經典細胞學分型方法鑒定的D和DP分子特異性保留“w”。
3．C座位特異性以Cw為字首命名，以免和補體組分命名混淆。
4．HLA基因以4位元數字表示，前2位元表示最相近的HLA特異性，後2位表示亞型的等位基因，如A*0101和A*0102兩個基因的產物都是血清學方法檢出的A2抗原，但它們的DNA序列不同。
5．第5位元數字代表“沉默取代”，即該基因中發生個別堿基取代，但並不影響所編碼的氨基酸序列，如A＊310ll和A＊31012二者的DNA序列不同，但編碼的A31抗原的氨基酸序列相同。
6．第6、7位元數字代表相應啟動子(內含子或側翼區)序列的多態性，如DRB4＊010101。
7．末尾加N表示無效等位基因或不表達基因，如DRB4*0101102N。
8．在不能區分等位基因時，允許取最前面的2位元或4位元數字表示，如目前已檢出17個A2基因，若不能確定是哪個基因可寫為A*02，同樣，DRB4*0101。
9．今後凡確定新的抗原特異性都要有明確的DNA序列，否則將不再作新的命名。
早期（20世紀90年代中期之前）所列特異性是用血清學方法和細胞學方法鑒定出來的，幾乎每次會議都命名新的特異性。如此複雜的基因及產物，再加上單倍體共顯性遺傳的特點，可隨機組合成一個巨大的數位；以致在人群中除同卵雙胎外，難以找到HLA完全相同者。這充分體現了HLA對免疫調控的個體差異，也為同種器官移植增加了困難。
現在用分子生物學方法可在基因水準上鑒定出更大的HLA多態性，例如HLA-A2的基因有12個變異體（A*0201～A*0212），其差別僅在第19密碼子一個堿基的置換。1994年3月WHO命名委員會公佈的Ⅰ類和Ⅱ類等位基因為440個，1995年1月又發現了35個新的基因序列，並對以前的報告進行了部分修正。此後，基本上每隔2年（1998、2000、2002）都會對該命名表進行修正，並補充新的特異性。
以下連結是2002年5月在加拿大Victoria舉行的第13屆國際組織相容性工作組（the 13th International Histocompatibility Workshop）會議有關人類HLA等位元基因及編碼產物的命名的決議文件：Nomenclature for factors of the HLA system